民政部门撤销离婚登记，原离婚协议仍可能有效。依据《民法典》规定，离婚协议自登记起生效，撤销登记不影响已协商一致的子女安排和财产处理条款的法律效力。若不及时处理，可能导致财产分割、子女抚养权等悬而未决，引发纠纷。
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协议仍可能有效。操作如下：1.双方协商，确认原协议内容是否继续履行；2.如协商一致，可重新签订或补充协议；3.协商不成，向法院起诉，请求确认协议效力或重新分割财产、确定子女抚养权。
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离婚协议被撤销后，处理方式有协商、诉讼两种。可先尝试双方协商，达成一致后重新签订协议；协商不成，则通过诉讼解决，由法院裁决子女抚养和财产分割。